Espace dédié à la facturation électronique · mise à jour Mai 2026
Fiducys
Fiducys
Expert-comptable · Paris
Fiche sectorielle nº 11

Pharmacies
d'officine.

Tout ce qui change pour votre officine avec la facturation électronique. Spécificité majeure : les actes médicaux exonérés de TVA (article 261-4 du CGI) restent hors champ. Et tous vos systèmes (caisse, LGO, parapharmacie) doivent être compatibles.

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Les dates à retenir

Deux échéances structurantes pour votre établissement, à inscrire dès aujourd'hui dans votre planning.

Réception · phase 1
01.09.2026

Vous recevez les factures électroniques de vos fournisseurs sur une plateforme agréée par l'État. Vous devez avoir choisi votre PA avant cette date.

Émission · phase 2
01.09.2027

Vous émettez toutes vos factures au format électronique et transmettez vos données de ventes (caisse) à l'administration via votre plateforme.

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Qu'est-ce qui change pour mon officine ?

Quatre cas à distinguer selon la nature des produits ou des clients. Vous êtes concerné — mais vos actes médicaux exonérés restent hors du dispositif.

Vos clients · entreprises

Factures électroniques via une PA

Établissements de soins, EHPAD, autres professionnels de santé, mutuelles, collectivités… pour vos clients professionnels assujettis, vous devrez émettre des factures électroniques via une plateforme agréée (PA).

Vos clients · particuliers

Déclaration automatique via la caisse

Vos ventes aux particuliers (parapharmacie, automédication, conseil…) seront déclarées automatiquement à l'administration via votre caisse. Attention : vérifiez bien la compatibilité de vos outils.

Actes médicaux exonérés · article 261-4 du CGI

Aucun changement

Les actes médicaux exonérés de TVA (médicaments remboursés notamment) restent hors du champ de la réforme — sauf si vous avez opté pour la TVA sur ces opérations.

Vos fournisseurs · réception

Toutes vos factures arrivent sur votre PA

Grossistes-répartiteurs, laboratoires, fournisseurs de matériel et de parapharmacie… toutes les factures de vos fournisseurs assujettis arrivent automatiquement sur votre plateforme dès septembre 2026.

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La check-list en 4 étapes

Ce que vous devez faire dès maintenant pour préparer votre officine. Le cœur du chantier : la mise à jour de votre LGO et la compatibilité de tous vos systèmes d'encaissement.

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Étape 1

Vérifiez votre système de facturation

  • Contactez votre fournisseur de logiciel de gestion d'officine (LGO)
  • Demandez la mise à jour « facturation électronique »
  • Vérifiez que votre caisse pourra transmettre automatiquement les données
  • Tous vos systèmes d'encaissement doivent être compatibles, sans exception
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Étape 2

Choisissez votre plateforme PA

  • Si vous avez un expert-comptable, demandez-lui conseil — c'est votre partenaire de confiance
  • Privilégiez les PA recommandées par votre groupement ou syndicat professionnel
  • Comparez 3 offres (prix, simplicité, assistance)
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Étape 3

Formez votre équipe

  • Prévoyez 2 h de formation par personne concernée
  • Créez un mémo simple pour vos préparateurs et vendeurs
  • Affichez le mode d'emploi près des caisses
iv
Étape 4

Testez votre système avant l'été 2026

  • Faites des essais avec des factures de test
  • Vérifiez que tout fonctionne avant l'échéance
  • Préparez une information pour vos clients professionnels
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Points d'attention spécifiques

Quatre cas particuliers fréquents pour les pharmacies d'officine. La multiplicité des outils est le sujet le plus structurant.

Plusieurs logiciels et caisses dans votre officine ?
LGO, caisse principale, terminal de paiement, logiciel de gestion de parapharmacie, outil de gestion du tiers payant… tous doivent être interprétables et compatibles avec la réforme.
À noterC'est le sujet le plus important pour les officines : l'écosystème logiciel d'une pharmacie est riche, et un seul outil non compatible peut bloquer l'ensemble du dispositif. Faites l'inventaire précis dès maintenant.
Acompte reçu d'un professionnel ?
Vous devez établir une facture d'acompte avec les montants HT et TVA, puis une facture de solde qui fait référence à la facture d'acompte (numéro et date).
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Prestations de services facturées ?
Pour vos prestations facturées (vaccinations, entretiens pharmaceutiques, tests rapides…), vous devrez indiquer sur votre plateforme quand vous recevez le règlement — c'est ce signal qui déclenche le paiement de la TVA correspondante.
Client professionnel étranger ?
Pas de facture électronique obligatoire : vous facturez comme aujourd'hui. Mais vous devez déclarer le montant de ces ventes via votre plateforme agréée (PA).
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Concrètement, dans votre quotidien

Voici ce que la réforme change, vu depuis votre comptoir d'officine.

Avant

Aujourd'hui, vous avez :

  • Des factures papier pour vos clients entreprises
  • Un classement manuel chronophage
  • Des risques d'erreurs
  • Du temps perdu en administratif
  • Du stockage papier à organiser
  • L'envoi manuel à votre expert-comptable
Après

Demain, vous gagnez :

  • L'automatisation totale du flux de facturation
  • Une facture envoyée automatiquement
  • Un impact positif sur votre trésorerie
  • Moins d'erreurs
  • Du temps gagné chaque semaine
  • Un archivage automatique sur 10 ans
  • La transmission directe à votre expert-comptable
Besoin d'aide ? Parlons-en.

Fiducys vous accompagne.

De la cartographie de votre situation au choix de la plateforme, de la formation de vos équipes au pilotage des premières factures électroniques : nous sommes à vos côtés à chaque étape.

Choisir la meilleure solution pour votre activité
Former les personnes concernées dans votre officine
S'assurer que tout est prêt à temps
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